Endoglykosidáza H je rekombinantní glykosidáza naklonovaná ze Streptomyces plicatus a overexprimovaná v E. coli. Endo H štěpí chitobiózové jádro vysokomanózových a některých hybridních oligosacharidů N-vázaných glykoproteinů. Štěpení probíhá mezi dvěma GlcNAc jednotkami, přičemž jeden GlcNAc zůstává navázán na asparaginu. Štěpení neprobíhá, pokud je na GlcNAc navázán komplexní sacharid. Oproti PNGase F tedy neštěpí všechny N-vázané oligosacharidy. Enzym je vhodný pro studium glykosylací proteinů a charakterizaci glykanové struktury. Enzym je dodáván v koncentraci 500 u/µl, kdy jedna jednotka je definována jako množství enzym potřebné pro odstranění více než 95 % sacharidu z 10 µg denaturované RNázy B za 1 h při 37 °C v reakčním objemu 10 µl.